O MEC (Ministério da Educação) descredenciou a Universidade São Marcos, após verificar irregularidades na oferta de cursos. Entre elas o descumprimento de medidas cautelares que o MEC já havia determinado à São Marcos, em 2011, por causa do baixo desempenho da faculdade em avaliação do Ministério da Educação.Segundo o MEC, a faculdade São Marcos não tem viabilidade financeira e nem organização acadêmica-administrativa.
Os cerca de 2 mil alunos da instituição devem ser transferidos para outras faculdade, se assim quiserem. Em contato com o Ministério da Educação, a assessoria de imprensa explicou que o aluno que já está matriculado na São Marcos pode continuar o curso na faculdade, e o diploma continua valendo. No entanto, os novos alunos, de 2012 em diante, estão proibidos de se matricular na faculdade. O prazo dado pelo MEC para que a São Marcos faça a mudança dos alunos e entregue toda a documentação acadêmica é de 90 dias. A São Marcos pode recorrer ao Conselho Nacional de Educação.
O MEC explicou que os alunos bolsistas do Prouni (de anos anteriores à 2012) terão que ser mantidos pela São Marcos. Porém, se o estudante não quiser continuar na faculdade por causa dela não ser reconhecida, a partir de atrásra, pelo MEC, ele vai poder se transferir para outra faculdade que também tenha adotado o Prouni.
