A elevação do nível de poluição do Rio Piracicaba causa preocupação entre os pesquisadores, já que está equivalente com os índices registrados há 10 anos, quando a região praticamente não contava com saneamento básico. Numa escala que mede o grau de condutividade da água, o Rio Piracicaba atingiu um índice de 950, sendo que o nível aceitável é de 150. O Rio Tietê, quando passa pela cidade de São Paulo, atinge um nível estimado em 1.300. A justificativa apresentada pelos pesquisadores da Esalq, é de que o aumento aconteceu pelo despejo de compostos orgânico na água. Esse material entra em decomposição, produzindo sais que elevam a condutividade, causando a redução de oxigênio e ameaçando a vida do rio.
De acordo com o professor e pesquisador do Centro de Energia Nuclear na Agricultura da Esalq, Plínio Barbosa de Camargo, os investimentos realizados em saneamento básico na última década foram insuficientes. Ele questiona os atuais métodos para tratamento de esgoto. Com a má qualidade da água captada no Rio Piracicaba, os serviços de abastecimentos acabam gastando mais no processo de tratamento. Segundo o professor Plínio Barbosa de Camargo, atualmente é necessário utilizar três vezes mais produtos químicos para garantir a pureza dessa água. Em dezembro do ano passado, o índice de poluição do Rio Piracicaba já era considerado alto, ao atingir a marca de 550.
