A Ponte Preta fica sem um dos principais jogadores na sequência da temporada 2012. O volante João Paulo Silva acertou a transferência para o Atlético Paranaense que disputa a Série B do campeonato brasileiro.
O jogador atuou em 64 partidas (somando 20 vitórias, 16 empates e 18derrotas). Fez cinco gols.